后金天聪三年（1629）清明节，皇太极率领诸贝勒大臣在努尔哈赤梓宫前行告祭礼，将努尔哈赤梓宫运往福陵，随后又将孝慈高皇后梓宫迁往福陵与努尔哈赤合葬，大妃富察氏也祔葬于此。并在福陵大红门前东西两侧设立两座下马石牌坊，禁止诸贝勒以下臣民在此乘车马经过。

努尔哈赤入福陵后，虽然福陵建有东西下马石牌坊，但其主体建筑却十分简陋，仅有享殿、陵门、围墙等，享殿也只是瓦房三间，享殿有小门一个，像个库房，门楼为三层。当时，不仅祭祀活动在享殿举行，就殓努尔哈赤及孝慈高皇后等人的梓宫也仅仅是埋葬在享殿的地下而已。

当时营建福陵的工匠主要是汉人，其中大多数都是明朝归降的官兵或是抢掠来的工匠。

后来清朝入关后，接受了先进的汉文化，尤其是祭祀礼仪和明朝的陵寝制度，因此关外的皇陵进行了多次大规模的改建、增建和扩建。

顺治七年（1650）四月，为福陵增建了石像生。
顺治八年（1651）扩建了享殿。
顺治十六年（1659）增建了方城的四个角楼，新建了两旁衙门各五间、更换了石像生的石须弥座等。
康熙二年（1663）九月，建福陵地宫、宝顶，同年十二月地宫建成，“安奉太祖高皇帝宝宫，设宝座、神牌于享殿”，将努尔哈赤及孝慈高皇后等人的“宝宫”奉安地宫，他们的神牌也供奉进享殿内。
康熙三年（1664）正月三十日，努尔哈赤的尊谥被镌刻于陵前石碑之上。
康熙四年（1665）三月初六日建福陵明楼。
康熙二十七年（1688）立福陵神功圣德碑及建碑亭。
雍正三年（1725）建宝顶，四次建配房、红墙。

乾隆年间，有增设了二柱门、石五供等。乾隆年间，福陵的大多数建筑都经过大规模重修，嘉庆十年（1805）大修了一次东面是牌坊。由此可见，福陵今天的规模和格局，是经过清朝近百年的发展才形成的。